Il sito ha la struttura di un portale a tre colonne con testata. Quest'ultima è composta dal logo dell'Ordine e da un banner che propone in sequenza dei collegamenti ad alcune pagine del sito di maggiore interesse.

La barra di navigazione presente nella testata riporta i link alla pagina inziale, ai contatti, al motore di ricerca, alla guida (questa pagina) ed infine alla mappa del sito che raccoglie in un'unica pagina tutte le aree tematiche ed i relativi sotto menu, per una vista completa sul sito e sugli argomenti trattati.

Nella colonna di sinistra trovano posto le aree tematiche, ognuna contraddistinta da un proprio colore e da argomenti omogenei, visibile in tutte le pagine per una maggiore rapidità di navigazione.

L'area centrale è dedicata all'esposizione degli argomenti, ed i link (ove presenti) vengono evidenziati in grassetto, per una più rapida individuazione dei collegamenti ipertestuali.
In prima pagina, invece, sono presenti le ultime news, ed un riquadro a scorrimento che dà particolare rilievo alle notizie in evidenza.
L'Ordine inform@, raggiungibile tramite il collegamento a fine pagina, raccoglie tutte le news meno recenti, secondo un criterio cronologico.

Nella colonna a destra sono presenti il contatore dei visitatori, il modulo di accesso all'area riservata (per gli utenti registrati), ed altri menu tematici di approfondimento che vengono proposti in base all'area scelta ed evidenziati dal medesimo colore dell'area trattata.

Il sito è ottimizzato per la visualizzazione con Internet Explorer 5 e successive versioni alla risoluzione video di 1024x768, ma si è voluto tener conto anche di altri browser e/o risoluzioni video: la struttura dinamica del sito, infatti, permette di adattarsi a qualunque risoluzione video a partire dalla 800x600.

Anche la dimensione dei caratteri è personalizzabile secondo le proprie preferenze e le impostazioni del browser.

Il sito dell'Ordine è provvisto di un'area riservata a cui si può accedere solo dopo aver completato la procedura di registrazione.

La registrazione al sito offre la possibilità di:

- iscriversi on-line ai corsi ECM organizzati dall'Ordine o dalla Fondazione, pubblicati sui rispettivi cataloghi nell'area Eventi ECM;
- richiedere informazioni attraverso le "Domande & riposte" nell'area del cittadino.

Per gli iscritti all'Ordine di Messina è disponibile inoltre il servizio "L'Ordine risponde" nell'area dello Sportello virtuale, che, attraverso le diverse aree di competenza, i medici e/o odontoiatri potranno rivolgersi per ottenere risposta ai propri quesiti.
L'accesso alla propria area riservata, consente di usufruire di servizi personali, alcuni già operativi, altri ancora in fase di sviluppo. Tra i principali servizi offerti si ricorda:

- rubrica e-mail degli iscritti;
- certificati di iscrizione all'Ordine;
- certificati con firma digitale di iscrizione all'Ordine;
- elenco dei corsi frequentati con i crediti ECM totalizzati

Il sito è stato realizzato in proprio dal personale dell'Ordine ed è stato sviluppato secondo tecniche di programmazione dinamica che lo rendono estremamente flessibile ed adattabile alle nuove funzionalità e servizi.

Per la programmazione web è stato utilizzato PHP (PHP: Hypertext Preprocessor), un linguaggio di scripting Open Source molto utilizzato, che può essere integrato nell'HTML, mentre il motore del database è MySQL.