Il Museo, che dal 1976 ha assunto la denominazione di Museo Regionale di Messina, si sviluppa in tredici sale che contornano un cortile dove erano sistemati vari frammenti architettonici e antiche sculture provenienti dalle chiese e dai palazzi della città prima del terremoto del 1908.

La fondazione del Museo Regionale risale al lontano 1806. Con la denominazione di Museo Civico si ebbe la prima esposizione a Messina di opere d'arte con una disposizione.di tipo museale, l'antico Monastero di San Gregorio ne fu la suggestiva sede. Il Monastero venne distrutto dal terremoto del 1908 e molte... troppe opere d'arte seguirono lo stesso destino.

Veniva cancellata per sempre una raccolta artistica di grande rilievo. Tutto ciò che fu possibile recuperare, dopo il terribile sisma, venne sistemato in una ex filanda posta nella spianata di S. Salvatore dei Greci all'inizio della Litoranea che conduce ai Laghi di Ganzirri e Faro.

Questa sede, agli inizi soprattutto, non era rispondente ai moderni criteri di esposizione e custodia di opere d'arte e, per questo, nel corso degli anni sono stati molti gli interventi di ristrutturazione dello stabile. Negli anni '80, con un nuovo e più adeguato intervento strutturale, si è proceduto a dare al complesso un assetto espositivo decisamente più appropriato.

Negli anni successivi, infine, si è proceduto al completamento della costruzione del grande complesso museale che oggi occupa l'area adiacente al vecchio stabile.