La travagliata storia di questo piccolo Orto ricalca in modo preciso le vicende dell'Università di Messina, e può agevolmente essere suddivisa in tre periodi.

Il primo periodo ha inizio nel 1638, quando l'Ateneo messinese decretò la fondazione dell'Hortus Messanensis e chiamò per realizzarlo il romano Pietro Castelli, il secondo nel 1678 quando gli spagnoli riconquistarono la città dopo la rivolta del 1674, pertanto l'Università venne soppressa e l'Orto botanico, anch'esso strumento di cultura, venne deliberatamente distrutto, il terzo periodo è quello più burrascoso, per un sovrapporsi di vicende in cui gli effetti del disinteresse si sommano a quelli delle catastrofi naturali.

Attualmente l'Orto rappresenta un piccolo arboreto inserito nel tessuto edilizio della città. Numerose sono le specie esotiche, tropicali e subtropicali, che grazie al clima particolarmente mite, vegetano lussureggianti e non necessitano di alcuna protezione invernale.

Quello che oggi resta è una superficie di poco meno di un ettaro (8000m), che con il lussureggiare della vegetazione in pieno centro cittadino testimonia la caparbia volontà di resistere, oltre che la potenzialità di questa terra in fatto di vita vegetale, in un contrasto sorprendere con la povertà del patrimonio arboreo della città.