La partecipazione al risorgimento fu una delle più intesne e sofferte. Durante quegli anni, infatti, la tenacia e l'irremovibile volontà dei messinesi non furono piegate dai lunghi e disastrosi bombardamenti borbonici, sia dal mare che dai forti cittadini, specialmente dalla famosa 'Cittadella'.
La prima insurrezione contro i Borboni ebbe luogo il 1 settembre del 1847; altre date gloriose furono il 6 e il 12 gennaio del 1848. La città resistette a lungo sino a quando, sfinita dai bombardamenti indiscriminati, dovette rinunciare temporaneamente al suo sogno di libertà nel settembre dello stesso anno.
Fucilazioni, espatri, carcerazioni non valsero a nulla; la città peloritana , per tutta la Sicilia, assunse il ruolo di punto di riferimento, mentre il Borbone si meritava il titolo di Re Bomba, appunto per il trattamento usato contro la città difesa dai suoi coraggiosi cittadini. Tra gli altri suoi capi il famoso Giuseppe La Farina, esule rivoluzionario e coraggioso combattente.

Infine il 27 luglio del 1860 Garibaldi, preceduto qualche ora prima dal generale Medici, entrò a Messina in festa mentre le truppe borboniche al comando del maresciallo De Clary si rifugiarono nella munitissima Cittadella, per resistere all'assedio.
Il 12 marzo del 1861, le forze italiane, dopo un lungo periodo di stasi delle operazioni contro i 4300 assediati, sferrarono l'attacco finale allo scopo di risolvere la situazione, anche perchè Gaeta era già caduta il 13 febbraio.

La penultima piazzaforte borbonica si arrese, proprio in Sicilia, simbolo ormai inutile del dominio non più esistente sullo Stretto. Quindi la città seguì le vicende del Regno d'Italia.
Nel 1895 partirono verso l'Etiopia le batterie di artiglieria del capitano Masotto e del capitano Bianchini, che il 1 marzo si sarebbero totalmente sacrificate ad Abba Garima, presso Adua.